1-Siprofloksazin ile birlikte kullanıldığında Teofilin'in serum konsantrasyonları yükselebilir ve eliminasyon yarı ömrü uzayabilir. Bu da Teofili'in toksisite riskini arttırır. Bu iki ilacı kullanmaktan kaçınılmalıdır. Ya da serum teofilin konsantrasyonları monitör edilmelidir.
2-Siprofloksazin kafein metabolizmasını etkileyerek kafein klirensini azaltabilir ve yarı ömrünü uzatabilir.
3-Siklosporin tedavisi gören hastalarda Siprofloksazin geçici kreatinin yükselmesine neden olabilir.
4-Fluorokinolonlar warfarin ve derivelerinin antikoagulan etkisini arttırabileceğinden, Siprofloksazin ve bir oral antikoagulanı birlikte alan hastalardab protrombin zamanı dikkatle izlenmelidir.
5-Probenesid Siprofloksazin renal tübüler sekresyonunu inhibe ederek plasma seviyelerini yükseltebilir.
6-Magnezyum, aliminyum veya üç değerli katiyonlar birlikte alındıkları siprofloksazininabsorpsiyonunu engelleyerek biyoyararlılığını azaltabilirler. Aynı etki daha az ölçümde multivitamin prepeatları ile de görülmüştür.